A unidade teve seu início em São José dos Campos no bairro do Aeroporto, próximo à fábrica da Embraer, no antigo prédio da TecNasa, em fevereiro de 1999.

Foi adquirido um terreno próprio no Jardim Limoeiro onde foi construído um prédio próprio e, então, iniciaram-se as atividades Em fevereiro de 2002 a Universidade iniciou as suas atividades no prédio próprio, localizado no bairro do Jardim Limoeiro e desenvolveu expansões anuais até chegar na configuração existente hoje, com Clínicas de Psicologias Aplicadas e o Escritório de Assistência Jurídica, anexo do Juizado Especial Cível. Um grande ponto forte é a proximidade da UNIP com um dos mais importantes bairros de São José dos Campos, o Jardim das Indústrias, onde também se encontra a empresa Johnson & Johnson